В суде он заявил: "Я не признаю себя виновным в инкриминируемых мне преступлениях, с потерпевшими по делу никогда знаком не был и не общался с ними. В вынесение же справедливого приговора не верю, так как меня лишили суда присяжных". Ответственность за это обвиняемый возложил на прокуроров и руководителя следственной группы, заявив, что "они заранее рассказали в СМИ, что я виновен, и заявили, что доказательств у них достаточно".
Проходящий в Мосгорсуде процесс по обвинению Пичугина в организации убийств предпринимателя Валентины Корнеевой, мэра Нефтеюганска Владимира Петухова, а также покушении на убийство управляющего австрийской East Petroleum Евгения Рыбина в Подмосковье - второй по счету.
Как сообщал ранее Каспаров.Ru, 17 августа 2006 года Пичугин был приговорен к 24 годам лишения свободы в колонии строгого режима. По этому делу были осуждены еще 5 человек: Владимир Шапиро, Геннадий Цигельник, Евгений Решетников, Михаил Овсянников и Владислав Левин.
С учетом же того, что в марте 2005 года он был приговорен Мосгорсудом к 20 годам заключения за ряд других преступлений, связанных с делом "ЮКОСа", суд при вынесении наказания добавил к этому сроку еще четыре года заключения.
Но в феврале 2007 года Верховный суд по представлению Генпрокуратуры, требовавшей ужесточения наказания, вернул дело Алексея Пичугина на новое рассмотрение в Мосгорсуд с предписанием "при назначении наказания рассмотреть вопрос о назначении более строгого".
