Военная служба Михаила Трепашкина началась на атомном подводном флоте. После срочной службы он поступил в Высшую школу КГБ. С 1976 года - следователь в следственном управлении КГБ, специализировался на делах о контрабанде культурных ценностей и произведений искусства.
В 90-х годах работал в управлении собственной безопасности ФСБ. Его начальником был Николай Патрушев, нынешний шеф ФСБ. Среди успешных дел Трепашкина – разоблачение в 1995 году преступной группы в ФСБ и ГРУ, которая занималась продажей оружия в Чечню. Однако дело приказали закрыть. Возник конфликт с начальством. В том же году он был уволен из органов. В начале 1996 подал в суд на ФСБ за незаконное увольнение, и суд его иск удовлетворил. Но решение суда так и не было выполнено.
В начале 1997 года на Трепашкина было совершено нападение на улице, его избили. К этому времени он дал несколько интервью о коррупции в ФСБ. На ту же тему бывший офицер спецслужбы направил письмо президенту РФ Борису Ельцину.
В середине 1997 года Александр Литвиненко, который в это время работал в управлении по разработке преступных организаций (УРПО), получил приказ организовать нападение на Трепашкина. Впоследствии в жалобе в прокуратуру, которую Литвиненко подал на УРПО как на преступную организацию, Трепашкин упоминался вместе с Борисом Березовским и Умаром Джабраиловым. Последние двое также были в разработке УРПО: Березовского должны были убить, Джабраилова – похитить. В 1999 году Трепашкин принял участие в пресс-конференции, на которой офицеры ФСБ Литвиненко, Понькин и Щеглов обвинили ФСБ в преступной деятельности. Трепашкин присутствовал на пресс-конференции в качестве жертвы.
После этого Трепашкин два года занимался частной адвокатской практикой. В сентябре 2001 года он дал интервью французским журналистам, которые снимали фильм "Покушение на Россию", в котором рассказал о деятельности ФСБ в контексте взрывов домов в Москве и Волгодонске. Сразу после этого у него был устроен обыск. На Трепашкина завели уголовное дело по фактам разглашения государственной тайны и незаконного хранения оружия. Второе обвинение впоследствии отпало, но первое осталась.
В начале 2002 года Трепашкин познакомился с Сергеем Юшенковым и начал активно сотрудничать с ним в рамках комиссии по расследованию взрывов жилых домов в городах России в 1999 году. В том же году он стал доверенным лицом сестер Морозовых, проживающих в США (они проходили как потерпевшие по делу о взрывах домов). В августе 2003 года Татьяна Морозова приезжала в Москву и вместе с Трепашкиным добивалась доступа к документам по делу о взрывах. Это была единственная попытка со стороны пострадавших от взрывов 1999 года добиться хоть какой-то информации по делу. Весной 2003 года он был приглашен адвокатами Бориса Березовского в качестве свидетеля по делу об экстрадиции бизнесмена в Россию. Трепашкин должен был рассказать суду об истории с планированием покушения на Березовского в 1997 году. Но разрешение на выезд за границу ему не дали, поскольку к тому времени он был под подпиской о невыезде. Адвокаты Березовского должны были выехать в Москву, чтобы встретиться с Трепашкиным и взять у него свидетельские показания.
19 мая 2004 года экс-сотрудник ФСБ был осужден Московским окружным военным судом за разглашение государственной тайны на четыре года лишения свободы. Наказание он отбывал в колонии №13 Нижнего Тагила. В нарушение ст. 73 УИК РФ его незаконно отправили отбывать наказание даже не в ближайший субъект Российской Федерации, а за 2200 км от дома и семьи. (Статья 73 Уголовно-исполнительно кодекса РФ указывает: "Осужденные к лишению свободы отбывают наказание в исправительных учреждениях а пределах территории субъекта Российской Федерации, в которой они проживали или были осуждены".)
Amnesty International была обеспокоена тем, что обращение тюремных властей в суд с просьбой о переводе Михаила Трепашкина в колонию более строгого режима за предполагаемое нарушение тюремных правил имеет политические мотивы и являлась попыткой лишить его возможности встречаться с журналистами и общественностью.
С 3 марта 2007 года М. И. Трепашкин находился в одиночной камере ПФРСИ ФГУ ИК-13, несмотря на то, что в соответствии с решением суда ему определен режим колонии поселения.
30 августа 2005 года Нижнетагильский городской суд по ходатайству адвокатов принял решение об условно-досрочном освобождении Трепашкина, однако Свердловский областной суд отменил это решение. После этого бывший полковник был арестован в Москве и этапирован в Екатеринбург, откуда затем отправлен в Нижний Тагил. На заседании 24 ноября городской суд постановил отказать Трепашкину в условно-досрочном освобождении. После этого адвокаты обжаловали данное решение.
По версии обвинения, проходя с 1984 по 1997 годы службу в КГБ СССР и ФСБ РФ, Трепашкин копировал служебные документы, которые в дальнейшем незаконно хранил у себя дома. Во время обыска дома у него были изъяты следственные материалы КГБ СССР, министерства безопасности РФ, ФСК и ФСБ как в письменной форме, так и на дискетах.
По материалам Интернета