По словам Панюшкина, правоохранительные органы заподозрили его в причастности к экстремизму. Как рассказал Панюшкин, он собирался в командировку в Белгород, у поезда к нему подошел милиционер и показал некий факс, видимо, это была ориентировка ФСБ. Журналист ответил на все вопросы милиционера "подписал что-то, вроде протокола", затем Панюшкин был отпущен и смог сесть в поезд.
Журналист отметил, что не знает, с чем связано подозрение в экстремизме. "Первое, что приходит на ум, это то, что меня задержали и, видимо, я попал в какие-то списки", - сообщил Панюшкин. Корреспондент "Ведомостей" не исключил, что "работа в отношении меня будет продолжаться и развиваться". "Мне хотелось бы, чтобы продолжения не было, но просто некоторый опыт показывает, что совершенно бредовые параноидальные истории смогут превращаться из мухи в слона", - сказал Панюшкин.
Панюшкин известен своей критикой в адрес кремлевской власти. В дни "оранжевой революции" в Киеве он писал оттуда материалы, в которых безоговорочно ее поддерживал. Автор серии репортажей про ВИЧ-инфицированных людей, которые приковывались к госучреждениям, требую лекарств, которые государство обязано им предоставить. Корреспондент газеты "Ведомости" принимал участие в "Маршах несогласных", а также писал ряд статей в поддержку "Маршей". В 2006 году Панюшкин написал книгу об экс-главе ЮКОСа - "Михаил Ходорковский. Узник тишины".