Росприроднадзор установил, что предприятие осуществляет деятельность по добыче нефти на землях национального парка "Самарская Лука", что является грубым нарушением закона "Об особо охраняемых природных территориях". Любая хозяйственная деятельность в заповедниках запрещена. Митволь сообщил, что материалы проверки "Самаранефтегаз" будут направлены в комиссию по досрочному прекращению права пользования недрами Роснедр.
В частности, природоохранное законодательство нарушено в отношении таких месторождений как Жигулевское, Стрельнинское, Яблоневый овраг и Зольнинское, а также трех песчаных карьеров.
"Самаранефтегаз", как и другое имущество "ЮКОСа", должно быть продано в процессе процедуры банкротства компании, но аукцион по продаже этого предприятия еще не назначен.
В конце 2006 года Росприроднадзор отозвал у "Роснефти" 4 лицензии на разработку месторождений в Красноярском крае. В Росприроднадзоре сообщили, что после проведенной 12 декабря инспекции выяснилось, что у компании отсутствуют "положительные заключения государственной экологической экспертизы на проекты сейсморазведочных работ, а также правоустанавливающие документы на пользование земельными участками".
В ноябре Митволь отозвал у Sakhalin Energy 19 лицензий. Он обнаружил многочисленные факты невыполнения условий лицензий на водопользование и заключенных в соответствии с ними договоров на пользование водными объектами". Среди претензий - нарушения гидрологических режимов рек и ручьев при прокладке трубопроводов, сброс грунта в русла рек и невыполнения мероприятий по борьбе с эрозией почв.
Со своей стороны, компания Sakhalin Energy отвергла обвинения. Между тем западные аналитики полагают, что истинная цель возникшего скандала - заставить Sakhalin Energy уступить часть проекта "Сахалин-2" государственной компании "Газпром", которая уже не раз выражала желание войти в проект.