"Дело Лисиной" началось еще в 1999 году. Как сообщает "Комитет против пыток", к ним обратилась Елена Лисина с заявлением, в котором сообщала, что была подвергнута пыткам и сексуальному насилию со стороны сотрудников милиции и прокуратуры.
Тогда же городской прокуратурой Нижнего Новгорода было возбуждено уголовное дело, четверым подозреваемым сотрудникам правоохранительных органов было предъявлено обвинение в превышении должностных полномочий, изнасиловании и совершении насильственных действий сексуального характера.
Однако из суда дело было возвращено на дополнительное расследование, а впоследствии закрыто "за недоказанностью вины обвиняемых". Тогда же Елена Лисина обратилась в НРОО "Комитет против пыток". Составленная в комитете жалоба была направлена в Европейский суд по правам человека. Там она была официально зарегистрирована 15 января 2002 года. Впоследствии Евросуд принял жалобу к производству.