По замыслу авторов документа, данные поправки необходимы для ликвидации правового вакуума в вопросах подтверждения права плательщиков НДС на применение нулевой ставки, в частности при поставках товаров в особые экономические зоны. Предлагаемые изменения устраняют несоответствие между Налоговым кодексом и вступившими в силу с 1 января 2006 года поправками в закон "Об особых экономических зонах". Закон расширяет перечень таможенных режимов (экспорта, транзита, перемещения припасов), дополняя его режимом свободной таможенной зоны с нулевой ставкой НДС.
Закон был окончательно принят Государственной думой 15 февраля 2006 года. Ранее, 8 февраля 2006 года, поправки были отклонены Советом Федерации. Однако депутаты нижней палаты преодолели вето сенаторов, единогласно проголосовав за принятие документа. После преодоления Госдумой наложенного вето, закон был направлен на подпись президенту, минуя Совет Федерации.
